1940年秋，国民党顽固派乘国际形势的变化，加剧反共活动，将反共重心由华北转到华中，掀起了第二次反共高潮。国民党先是一再命令长江以北的新四军全部开到长江以南指定的狭小地区，企图割断新四军与八路军的联系，便于各个击破。在中共中央针锋相对地进行斗争以后，1940年10月19日，蒋介石授意参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧发出皓电，强令黄河以南的八路军、新四军于1个月内全部开到灾情和敌情并重的黄河以北，欲陷八路军、新四军于绝境。中共中央面对国民党顽固派步步紧逼的反共分裂活动，从顾全抗日大局出发，以国家民族利益为重，及时提出挽救危局的方针和政策。11月15日，毛泽东致电周恩来和各战略区负责人，阐明中共中央的基本方针和政策：“对于蒋介石此次反共进攻，决对皖南取让步政策（即北移），对华中取自卫政策，而在全国则发动大规模反投降、反内战运动，用以争取中间势力，打击何应钦亲日派的阴谋挑衅，缓和蒋介石之反共进军，拖延抗日与国共合作时间，争取我在全国之有理有利地位”。但国民党已调兵遣将，在皖南集中了七个师8万余人的大军，以上官云相为总指挥，采取前堵后追、两翼夹击的部署，伺机围歼势单力薄的新四军军所军所属皖南部队。1941年1月4日，新四军军部和所属皖南部队9000余人，为顾全团结抗战大局，在军长叶挺、副军长项荚率领下，由安徽省泾县云岭出发，准备绕道茂林、三溪、宁国、郎溪，到江苏省溧阳待机北渡。6日，蒋介石得知新四军转移，下令第三战区、第五战区“采取行动”。第三战区于6日下午命令第三十二集团军“迅速部署所部开始进剿”，“彻底加以肃清”。7日拂晓，当新四军北移部队行至泾县以东茂林山区时．即遭到国民党军层层堵截和进攻。新四军指战员在叶挺指挥下，被迫奋起自卫，浴血苦战8昼夜，到14日，终因寡不敌众，弹尽粮绝，除约2000余人分散突出重围外，一部被打散，大部牺牲和被俘。叶挺根据中共中央东南局副书记饶漱石的意见，14日下午准备同国民党军谈判，竟被扣押。政治部主任袁国平、宣传教育部部长朱镜我、第二纵队司令员周桂生、音乐家任光在突围时牺牲。副军长项英和副参谋长周子昆在蜜蜂洞隐蔽时遭叛徒杀害。1月17日，国民党政府军事委员会发表命令和谈话，反诬新四军为“叛军”，宣布撤销其番号，将叶挺“交军法审判”，后将叶挺监禁五年零二个月。抗日战争胜利后，叶挺才于1946年3月4日被营救出狱。出狱第二天，他即致电中共中央和毛泽东，要求加入中国共产党。1946年4月8日，叶挺由重庆赴延安；因飞机失事，在山西省兴县黑茶山遇难。为了纪念这位新四军的第一任军长，1948年，中共华中工作委员会和华中行政办事处将盐城县改名为叶挺市。 

    皖南事变是国民党在抗日战争中破坏国共合作的最大惨案。1月18日，中共中央发言人发表谈话，全面揭露国民党顽固派制造皖南事变的真相。在重庆的周恩来同国民党顽固派进行了面对面的斗争，亲笔写下了满怀悲愤的题词和挽诗：“为江南死国难者志哀”，“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急!?”并冲破国民党新闻检查机关的查禁，发表在1月18日的《新华日报》上，有力地控诉了国民党顽固派的暴行。1月20日，中共中央军委发表毛泽东起草的命令和发言人谈话，任命陈毅为新四军代理军长、张云逸为副军长、刘少奇为政治委员、赖传珠为参谋长、邓子恢为政治部主任，重建新四军军部。谈话提出了严惩祸首、取消1月17日反动命令等12条解决皖南事变办法。中国共产党的正义自卫立场，得到全国各族人民、各民主党派、海外侨胞和国际进步舆论的同情和支持。