日军在其计划被打乱的情况下，出动主力及大批伪军对苏中进行报复“扫荡”，企图夹击泰州地区新四军主力，进攻盐城。第一师鉴于讨李战役的目标已经实现，为避开敌人锋芒，遂主动撤出，以团为单位，转入农村，进行短暂休整和反“扫荡”，并以主力一部转移至东台以北，打击北犯日军。日军转而集中兵力对新四军第一师活动地区东台、如皋等地进行报复性的大“扫荡”，反复搜寻第一师主力与之决战，但一无所获。1941年12月，日伪军对苏中根据地发动了冬季“扫荡”，兵分两路，向如皋县东部丰利镇和东台县三仓地区合击。第一师兼苏中军区集中10个团的兵力，在北起三仓，南达长江，东至梅滨，西至古溪、兴化，纵横数百里的地区内，全面展开反“扫荡”作战，迫使日军仓促撤回原防，停止“扫荡”。

    太平洋战争的爆发，使日军在举兵南进之际，一时无力在华占领区采取大的军事行动。但是，随着战局的发展，日军加紧推行“以战养战”、“以华制华”的政策，为此，日军更多地收编和利用伪军，对抗日根据地发动了一场所谓的“总力战”。1942年，苏中敌后斗争仍处于相持状态，日伪军连续不断地发起“扫荡”、“清剿”，平均每星期进行一次出动兵力500人左右的小“扫荡”，每半月进行一次出动兵力千人以上的较大规模的“扫荡”。第一师兼苏中军区采取一面巩固，一面发展，在有利条件下积极歼敌的方针，一次又一次地粉碎了日伪军的“扫荡”，并主动袭击日伪军防守薄弱的据点。日伪军在苏中“扫荡”接连受挫后，从1942年6月起，实施了三次大规模的“清剿”行动。敌人的每次“清剿”都是先集中兵力对“清剿”区分进合击，扑空后即分兵四处“扫荡”，逐村搜索抢掠。其随军工作队分组下乡，召集会议，进行欺骗宣传，建立伪政权。面劝敌人的“清剿”式“扫荡”，新四军第一师兼苏中军区及时跳出“清剿”区，寻机歼敌，部分地方武装和民兵就地坚持，与敌纠缠；在“清剿”区外的各地，积极向当面之敌发动攻势，策应“清剿”区作战。军民同心，配合反“扫荡”，取得了一个又一个胜利。