1940年在淮北合影，左起刘瑞龙、韦国清、邓子恢、张爱萍
刘瑞龙同志1939年9月奉中共中央电令离开延安安吴青训班，随中共中央中原局书记刘少奇奔赴华中敌后。10月初到达中原局驻地河南确山竹沟镇，11月初到达豫皖苏边涡阳县北新兴集。1940年3月，又被刘少奇调到皖东北工作，直到1945年10月奉命调离淮北抗日根据地，抗战时期，刘瑞龙在淮北大地战斗、工作了整整六年。这六年中，他呕心沥血，忘我工作，与淮北军民风雨同舟，休戚与共，结下了深厚的情谊。
跟随刘少奇 转战皖东北
1938年2月，刘瑞龙在中央党校学习结束，由中央组织部调到安吴堡战时青年训练班，担任安吴青训班教务处处长。教务处分为教务、军事、讲义三科，刘瑞龙主要负责教务。1939年9月，正在安吴青训班工作的刘瑞龙，接到中央电令：把工作安排后即去西安，随刘少奇同志到华中敌后工作。
随刘少奇到华中敌后的，除了他的秘书刘彬外，还有徐海东、曹荻秋、龙潜、许震、宋治民等50多人从延安派出的工作队。他们从西安出发后，第三天即到达中原局所在地河南确山竹沟镇。
在竹沟镇期间，刘少奇同中原局的主要干部朱理治、陈少敏、曹荻秋等同志一起，分析了华中抗战形势，研究了贯彻中共中央发展华中方针的具体部署。华中新四军各支队虽已完成了战略展开的任务，但华中敌后还有广大地区需要去开辟，已创立的根据地还需要巩固和发展。在会议间隙，刘少奇让刘瑞龙阅读两份文件，一份是毛泽东起草的中共中央关于敌后抗日根据地群众工作的指示；一份是刘少奇已经发表过的《抗日游击战争的各种基本政策问题》。并嘱咐他根据文件精神，起草一份《关于敌后建立抗日民主政权的意见》，在干部座谈会上提出讨论。这件事，让刘瑞龙得益匪浅，给他以后的工作出了一道“预习题”，作了思想上、精神上很好的准备。
10月上旬，刘少奇结束了在竹沟的工作，率领干部队继续向豫皖苏前进。一路上，他同干部促膝谈心，探讨问题，深入调查研究，使干部们受到教育。他还对东进敌后的走向和路线问题，单独向刘瑞龙询问，并深入探讨。总是提出“由中原向东，走哪些路比较方便？”沿途所经地区的社会阶级关系、民情、风俗及物产、交通情况怎样？刘瑞龙体会到刘少奇同志已经将东进方针具体指向东海边了。刘少奇还要他研究这些情况，准备回到这些地区去工作。刘少奇还特别关心干部的学习，嘱咐干部努力学习马克思列宁主义理论，重在学习马列主义的本质、精神和方法，重在理论联系实际。要干部学习毛泽东同志实事求是、注重实践的精神。
11月初，他们到达豫皖苏边新兴集。刘少奇同志听取了彭雪枫、吴芝圃同志关于新四军第六支队和豫皖苏工作情况的汇报，传达了党中央、毛主席关于发展华中、坚决东进的战略意图和方针政策。对于巩固与发展豫皖苏根据地的方针、任务作了具体指示。要求六支队在一两个月后向津浦路东发展。
此后，刘少奇、徐海东、刘彬同志往淮南游击根据地去了，刘瑞龙受命留在豫皖苏工作，任中共豫皖苏区委副书记。从1939年12月到1940年2月，刘瑞龙同彭雪枫、吴芝圃一道，研究了工作要点，调查了当地农村土地租佃、借贷、主雇关系和农民生活状况，初步拟定了减租减息、合理负担的要点，并在永城县发动群众，进行了减租减息、改善雇工待遇和合理负担的试点工作。
1944年8月15日，第四师西征出发前在半城合影，左起刘瑞龙、彭雪枫、邓子恢、张震、吴芝圃
1940年3月初，刘瑞龙奉中原局、刘少奇令调皖东北工作。3月28日，刘少奇致信张爱萍、江华、刘瑞龙同志，指出：苏皖地区党与八路军、新四军总的任务是，争取整个苏皖地区（淮河、宝应、盐城以北，陇海路南之苏皖地区）成为我党与进步势力管理之下的巩固的抗日反汉奸的根据地，并在这个根据地上建立统一的抗日民主政权，统一的抗日军队及统一的民众团体，坚持抗战。并指示，以刘瑞龙、江华、张爱萍、金明、田文扬组成军政委员会，刘瑞龙为书记。为执行这个任务，刘瑞龙召集军政委员会根据少奇同志的指示，确定了行动计划。
8月，黄克诚率部进入皖东北，黄接任苏皖地区军政委员会书记，刘瑞龙任副书记。10月，刘瑞龙调任淮海区军政委员会书记，参加了淮海区根据地的建设工作。
主政淮北行署 开民主施政先河
1941年4月25日，华中局和新四军军部命四师向津浦路东皖东北地区转移。4月下旬，刘少奇、陈毅决定：将刘瑞龙调回皖东北工作，任皖东北区党委副书记。
1941年8月23日，华中局决定划淮河以北、陇海路以南、运河以西、津浦路以东为淮北苏皖地区，撤销皖东北区党委，成立中共淮北苏皖边区委员会（简称淮北区党委），刘子久、刘瑞龙、刘玉柱、张彦、吴芝圃五人为委员，以刘子久为书记。成立淮北苏皖边区军政党委员会，邓子恢、刘子久、刘瑞龙、刘玉柱、彭雪枫、吴芝圃、张爱萍七人为委员，由邓子恢任书记，统一领导淮北苏皖边区党政军工作。成立淮北苏皖边区行政公署，以刘瑞龙为主任，刘玉柱（后由陈荫南）为副主任。成立淮北苏皖边区军区，赖毅为司令员，刘子久兼政委。这标志着淮北苏皖边区抗日民主根据地正式形成。自此，刘瑞龙主政淮北行署，淮北根据地的民主建设开始比较系统的进行。
1941年9月15日，刘瑞龙在淮北行署成立大会上作了《为实现苏皖边区施政纲领而斗争》的报告，公布了由他主持制定的施政纲领。随后即将《淮北行署施政纲领》全文刊登在9月21日的《拂晓报》上。这在淮北人民心中，是破天荒的第一次，政府把已经做、正在做、将来还要做的事，系统完整地制定成《纲领》公布出来，告诉老百姓，这也表明根据地建设走上了一个新的阶段。刘瑞龙在报告中告诉人民，施政纲领的总目的，就是“团结淮北苏皖边区，进行根据地的政治、经济、文化、教育、军事的建设，巩固和发展苏皖边区，坚持长期抗战。”“准备反攻，达到收复失地之目的，驱逐日本出中国。”刘瑞龙在报告中说明了《纲领》的中心内容：加紧军事建设——开展苏皖边区的抗日游击战争；加紧政治建设——开展苏皖边区的抗日游击战争；加紧政治建设——使地区迅速民主化，实行新民主主义政治；加紧经济上的建设——一方面解决战争的物质需要，另一方面保障老百姓的生活；加紧文化教育——发展小学教育，培育师资，播撒新民主主义的种子，提高民族的自尊心、自信心，使老百姓了解抗战技能、抗战知识，了解大道理。刘瑞龙要求行政工作人员要取一种言必行、行必果的精神来对待这个纲领；依靠统一战线的力量，依靠各个阶级的力量来实行这个纲领，使纲领不单是在办公室里，应成为广大人民所努力执行的纲领。他还希望今后要在斗争中去充实它，不断地提出新的内容，使得这个纲领更丰富更充实。
刘瑞龙特别关注根据地的文化教育。1941年11月8日，他在全边区第二次教育行政会议上，专门做了《开展淮北苏皖边区的国民教育》的报告。他指出：开展苏皖边区文化教育事业与建设苏皖边区根据地不可分离；小学教育是国民教育的基础；要大大地开展社会教育；教育工作要和当前抗战任务联系起来；要团结农村各方面人士从事农村教育工作。他希望教育行政人员，努力开展边区教育事业，配合边区整个的抗战斗争，争做苏皖边区教育工作的模范。
1942年11月，中共中央华中局根据中共中央《关于统一抗日根据地党的领导及调整各组织间关系的决定》，取消了淮北军政党委员会，调整了淮北区党委成员，由邓子恢、刘子久、刘瑞龙、彭雪枫、吴芝圃五人为委员，以邓子恢为书记，刘子久为副书记；撤销淮北军区，由新四军第四师兼淮北军区。在淮北区党委的领导下，刘瑞龙主要精力用在主持淮北行署工作方面。在他的主持、领导和努力下，根据地各项建设都取得了显著成绩。
政权建设方面。《施政纲领》颁布后，到1944年底，行署建立了3个行政专署，23个县政府，168个区署、1048个乡政府，还建立了边区和各县行政委员会与参议会。1942年10月，苏皖边区第二届参议员大会召开，选举刘子久、吴静宜为边区参议会正副议长，刘瑞龙、陈荫南为行署正副主任，徐风笑、葛萌为边区高等法院正副院长；讨论并通过了刘瑞龙做的《淮北苏皖边区三年来的政府工作》报告和150件法规议案；边区参议会从开始时的民意咨询机关成为边区最高权力机构。边区和各县政府与参议会的领导成员，都是按照“三三制”的原则选举产生。特别要指出的是，为团结各界爱国民主人士建设根据地，淮北行署1941年12月25日就专门颁布了《保障人权财权产权及保护工商业条例》，这在淮北地区具有开创性的意义，对推动整个根据地的民主政权的建设具有重大作用。1942年，行署在根据地的基本区实行划小行政区域，废除保甲制，改造旧政权，实行乡选和乡村制，更便于人民群众参政和政府法令的推行。
生产建设方面。刘瑞龙主持淮北行署制定和公布了生产建设基本方针，以农业生产为主，以工业为辅，发展私人农家经济和家庭手工业，组织机关、部队、学校进行生产。开展减租减息和增加工资运动。还发放农业贷款，帮助农户解决种子、农具、牲畜等困难。加大边区的水利工程建设，较大的工程有盱凤嘉的淮河大堤、泗南的双峰大堤和大柳巷堤、淮宝的人字头堤等，疏浚大小河沟400多条，总长4200多里，使农田受益面积达到3.7万多顷。农业生产逐年发展，改善了民生，提高了人民群众的抗日热情和生产积极性。
财经建设方面。一是财粮工作，在财政工作上，实行了统筹统支，建立了收入、支出、仓库和审计四项制度，其中审计制度，审核预决算方案，监督财政收支，对根据地建设具有重要意义；在粮食工作上按合理负担的原则，按收获量分等级累进征收公粮。二是金融工作，1942年6月成立了淮北地方银号，发行边币，一方面同日伪进行金融斗争，一方面主要用于发展生产和调剂金融，特别是发放贷款，对发展生产，改善人民生活起了很大作用。三是贸易方面，对内实行贸易自由，保护私营商业，发展公营商业，繁荣市场，增加收入；对外实行贸易统制，有计划地进口必需品，出口剩余品，打破日伪的封锁和掠夺。边区财经建设的发展，繁荣了根据地的经济，打破了日伪对根据地的经济封锁。
文教建设方面。刘瑞龙十分重视文化教育事业，在区党委和行署的领导支持下，他把文化教育事业作为建设与巩固抗日根据地的一件大事来抓。行署每年的教育经费占到全部地方经费支出的四分之一强。他注重培养和使用知识分子，还大力鼓励与吸收敌占区知识分子到根据地任教。边区先后创办了抗大四分校，江淮大学、淮北中学、行政学院、建设学院（培养中学师资）、卫生学校、职业学校和各种训练班，培养了大批干部。开办了十余所中学，800多所小学。在文化方面，边区设立了文化协会、戏剧协会、青年记者协会等文化团体；设有拂晓出版社、教育出版社、大众出版社，出版《拂晓报》《人民报》《团结报》和《拂晓》《政府工作》等20多种报刊；还成立了军队的、地方的文艺工作团、剧团等。这些工作的开展，丰富与活跃了根据地的文化生活，推动了根据地文化教育事业的发展。
根据地各项建设事业的发展、有力地巩固和发展了淮北抗日根据地，为淮北军民夺取抗日战争的最后胜利奠定了思想和物质基础。
刘瑞龙还经常深入到行署各工作部门和边区县、区、乡基层组织，调查研究，及时发现新情况、新问题，改进和健全行署的工作。他深入基层，克己奉公，联系群众，平易近人，一心为党工作，为人民办实事，赢得了边区干部群众的普遍赞誉，淮北人民称赞刘瑞龙为“我们的好主任”、“根据地人民的群众领袖”。
1945年10月，苏皖边区政府在淮阴成立，刘瑞龙调任副主席，遂离开了淮北，淮北人民一直惦念他。