为开展敌后抗日战争，根据中共中央军委指示，1938年5月新四军第一、二支队从皖南出发，开赴苏南敌后，创建了以茅山为中心的苏南抗日民主根据地；遵照“向南巩固、向东作战、向北发展”的方针，叶挺等于1939年5月渡江北上，5月7日在安徽东汤池建立了新四军江北指挥部，陈毅于11月17日在江苏溧阳水西村建立了新四军江南指挥部。
1939年冬，刘少奇由徐海东等陪同，率领中共中央中原局到达皖东新四军江北指挥部，分析对敌斗争形势后，提出向东发展开辟苏北战略任务。建议得到中共中央采纳，决定抽调八路军主力2万余人南下，苏南新四军主力北渡，共同完成开辟苏北的任务。
1940年5月，已在苏中地区打开统战工作局面的陈毅为坚决执行党中央“五四”指示精神，遂调集江南指挥部主力，渡江北上苏中地区，开创抗日根据地。进军途中遭到苏南顽军和苏北顽军的堵击，而顽军又与日军暗中勾结，谋求共同防共反共。因此，坚决反击顽军挑起的武装“摩擦”，已成为向苏北发展的紧迫任务，苏中黄桥战役，即是在此情况下所发生的、以黄桥为中心的一系列战斗所组成的自卫反击战。
郭村战斗。正当新四军江南主力渡江北上时，盘踞在苏中泰州地区的国民党鲁苏皖边区游击军李明扬、李长江部，在国民党江苏省主席兼鲁苏战区副总司令韩德勤的挑拨、拉拢与威胁下，由中立转向反共。5月中旬，新四军挺进纵队在西援半塔集战斗后，返回泰州西北30里的郭村休整。这时韩德勤借口挺进纵队侵占“二李”防地，煽动“二李”出兵围攻。李长江遂调集13个团兵力，于6月28日向郭村发起进攻。挺进纵队奋起自卫，坚守待援。29日，苏皖支队星夜驰援，配合挺进纵队，连续组织反击。在李部鲁苏皖边游击军中任职的共产党员陈玉生、王澄，率部阵前起义，乘势内外夹击，李军溃败。7月4日，挺进纵队一举攻下泰州以西的塘头，先头部队逼近泰州城下。此时，陈毅令挺进纵队停止进攻，根据“击敌（日军）、联李（李明扬）、孤韩（韩德勤）”的斗争策略，派新四军战地服务团团长朱克靖到泰州同“二李”谈判，并亲自打电话给李明扬，重申团结抗日主张，同时主动归还缴获的武器，释放全部被俘人员。并提出，如果李部不阻碍新四军东进黄桥地区，还可将郭村、塘头、江都、宜陵等防地让给李部。“二李”在兵败城危和新四军抗日诚意之下，接受条件，表示愿守中立。郭村战斗胜利，为新四军东进黄桥，打开苏中敌后抗战局面创造了有利条件。
7月中旬，新四军江南指挥部遵照中央指示改称苏北指挥部，陈毅、粟裕分任正副指挥。并将苏北新四军所属部队，合编成立第一、第二、第三共3个纵队、9个团，约7000余人。7月25日，苏北指挥部率所属部队由郭村、塘头东进，直下黄桥。经历营溪战斗，姜堰战斗，打败了顽军的围攻，占领了黄桥及周围地区。此后，苏北指挥部一方面向靖江方向发展，进行反“扫荡”作战，一方面大力开展以黄桥为中心的抗日民主根据地的各项建设工作。
黄桥决战。韩德勤为称霸苏北，不抗日又不让新四军开赴敌后抗日。自恃兵多粮足，决心倾其主力，与进军黄桥的新四军决战。为此，决定以其嫡系第八十九军和独立第六旅约1.5万人为中路军，分别经营溪、古溪和祖师庙，从东面、北面主攻黄桥；以保安第一、第五、第六、第九、第十旅约7000余人组成左路军，以鲁苏皖边游击军及税警总团等部约1.2万人组成右路军，分别掩护中路军两翼，并从西面、东面助攻黄桥。
在黄桥的新四军仅有7000人，其中战斗部队5000余人，与顽军数量悬殊很大，陈毅、粟裕决定在战役指导上采取后发制人的方针，歼顽军主力于黄桥地区，以第三纵队坚守黄桥，以第一、第二纵队隐蔽集结，待机出击，歼灭来犯韩军于运动之中。
10月1日，顽军齐头并进，新四军以一小部兵力正面阻击，节节抵抗，诱敌深入，掩护主力适时集结和展开。战至4日，顽军独六旅被分割包围，经3小时激战，全歼该旅。5日，顽军第八十九军被分割包围于黄桥东北地区。战至6日晨，韩军第八十九军军部及三四九旅大部被歼，军长李守维仓皇逃窜，溺水毙命。在此期间，增援的顽军预备队在营溪遭第二纵队一部兵力阻击，被歼大半，残部向海安退却。各保安旅也向海安方向纷纷溃逃，新四军乘胜追击，至7日晚攻占海安，韩德勤率残部千余人向兴化溃逃。当新四军与韩德勤主力在黄桥激战时，李明扬、李长江、陈泰运等部，见韩德勤失利而不敢妄动，使韩主力左右失去掩护，以至迅速被歼。此战役，新四军共歼韩军第八十九军军长李守维以下1.1万余人，其中生俘三十三师师长孙启仁等军官以下3600余人；新四军也伤亡900余人。黄桥反顽作战胜利，奠定了以黄桥为中心的苏中抗日民主根据地的基础，对开辟苏北，发展和坚持华中敌后抗战具有重要意义。
10月10日，北上追歼韩军的新四军第二纵队与南下增援黄桥的八路军第五纵队先头部队，在东台县白驹（今属大丰市）狮子口会师。11月17日，在海安成立华中新四军、八路军总指挥部，统一指挥所有陇海路以南的新四军、八路军部队。
新四军7月下旬进军黄桥后，首先成立黄桥军民办事处，负责办理地方行政和战勤工作。8月下旬，成立通如靖泰临时行政委员会。11月15日，召开14个县380名代表参加的临时参议会，成立苏北临时行政委员会，选举管文蔚为主任，通过团结抗战施政纲领。1941年1月，苏中抗日部队编为新四军第一师，3月，苏中区党委成立，苏北临时行政委员会改称苏中行政委员会。不久，苏中军区成立，1942年5月，苏中行政公署成立，管文蔚仍任主任，至此，西迄京杭大运河，东濒黄海，南滨长江，北抵盐淮的苏中抗日民主根据地，设有4个专员公署，14个县级政权，面积2.3万平方公里，人口825万。
1941年1月，日伪军以3000余人攻占黄桥，并对黄桥以南地区进行大“扫荡”。2月15日，李长江率部7000余人在泰州公开投敌。当天，陈毅、刘少奇即下达《讨伐李长江命令》，20日凌晨，新四军一师攻克泰州城，俘李部官兵5000余人，李率残部溃逃。21日，一师按原定指令撤离泰州，转入农村进行反“扫荡”斗争。此后，4月、8月、12月先后取得反“扫荡”胜利。
1942年和1943年，日军为巩固长江下游的统治和掠夺更多资源，对苏中抗日根据地的进攻更加频繁，千人以上大“扫荡”平均每月2次，500人以下中小“扫荡”平均每月5次。
1943年4月10日起，日军先后对苏中四分区进行空前残酷的“第一期清乡”、“延期清乡”和“高度清乡”，苏中四分区军民在苏中第四军分区、苏中四地委及行署领导下，积极展开反“清乡”斗争，到1944年10月，经过一年零七个月的艰苦斗争，取得反“清乡”斗争的决定性胜利。
1944年1月5日，驻如（皋）黄（桥）路的伪军第三十四师参谋长兼一三五团团长、中共秘密党员施亚夫，率一个营在如皋加力起义，编入新四军苏北人民抗日自卫军通如纵队，施任司令员。2月，苏中伪军起义、投诚者3000余人。3月5日、6日，一师发动车桥战役，歼日、伪军近千人，逼退曹甸、泾口等地之敌，使苏中、苏北、苏南、淮北四块根据地联成一片。
1945年元旦，华中局提出日本帝国主义败局已定，今后主要任务是扩大和建设根据地，苏中根据地党政军民坚决贯彻这一指示，继续扫除残敌。2月22日新四军主力破冰攻占日、伪军“水上坚城”沙沟、崔垛两据点。4月28日，第一军分区在高邮的三垛至河口间的北澄子河两侧伏击，全歼调防日军两个中队及伪军第五集团军独立团1000余人。
日本投降后，驻苏中的伪第二方面军摇身一变，成了国民党军新编第二路军，孙良诚、陈泰运分任正副司令，固守防地，拒绝向新四军及其他抗日武装投降。苏中军区忍无可忍，向拒降的敌人发动攻势。1945年8月19日，收复扬中，23日攻克宝应，26日攻克靖江，29日攻克启东汇龙镇和海门茅家镇，9月1日攻克兴化，19日攻克东台，12月25日收复高邮。至此，苏中地区除南通、扬州、泰州等城市被国民党抢占外，其余均获解放。