调解新四军领导人的关系
周恩来到皖南还有一个重要任务，是调解和改善新四军领导人叶挺和项英的关系，确定叶挺在新四军的应有地位和职权。
叶挺是出身于正规军校的北伐名将，项英则经历了多年游击战争，他们经历不同，爱好、习惯、作风、经验都有一些不同，相处中难免产生一些矛盾。叶挺当时不是共产党员。如何既尊重这位非党军长的职权，又坚持共产党对新四军的绝对领导，作为党委书记的项英显然未能妥善把握。更重要的是，他们对新四军怎样发展在认识上也有不同。1938年4月，蒋介石命令新四军集中出南陵，依大茅山脉向芜湖、宣城一带行动。项英认为“不能接受，显系借刀杀人”，而叶挺则认为可行。4月18日，项英致电毛泽东、陈绍禹、周恩来：“蒋压迫，叶不能反抗。应由党负责交涉。四军因党不出面，以间接方式解决，使问题愈棘手。”这是想撇开叶挺，由他代表新四军与国民党方面交涉。但是，毛泽东却同意叶挺的意见，于4月21日电示：“开经南陵一带亦未为不可。因敌犯长江上游时，南陵一带据于敌之侧后，正好活动。”5月4日，毛泽东又致电项英，嘱他“始终保持与叶同志的良好关系”。
6月7日，周恩来与陈绍禹、博古、叶剑英一起致电毛泽东、张闻天，主张接受叶挺的要求，“在新四军组织一个委员会，以便共同商议处理一切军政问题”，并建议这个委员会以项英为主席，叶挺为副主席。6月9日，毛泽东、张闻天就复电：“同意组织新四军委员会”，“项为主任，叶为副之”。
项英并未听从中共中央要他尊重叶挺的劝告，与叶挺的关系没有明显改善，甚至连中共中央的一些重要指示也不向叶挺传达。叶挺深感难以工作，于1938年8月致电陈绍禹、周恩来、博古，表示准备辞去新四军军长职务。8月28日，周恩来等在离武汉回延安出席中共中央政治局会议的前一天，致电叶挺表示挽留，并说：“项英同志已回延安，我们不日也往延开会。关于新四军工作，请兄实际负责。”“我们深知兄在工作中感觉有困难，请明告。我们正帮助你克服这一困难。延安会毕，我们拟来一人帮助整理四军工作。”
叶挺虽然在新四军又留了一些日子，但离开新四军的念头仍难以打消。他在9月30日电催项英速回新四军，并说：“我拟于下月初赴顾（祝同）处一行，如能请准假，则返香港，观察各方情形。”项英回到新四军后，于10月23日急电中共中央军委转周恩来说：“叶之辞职系（愈）坚，本问题无可挽回。目前四军问题应直接由周与蒋解决继任人。以后四军与八路军共同由党直接解决各种问题，才是根本之办法。”这个电报说明项英没有努力挽留叶挺的愿望。随后，叶挺经江西、广东赴香港。
周恩来当然不能同意项英的意见。11月2日，他和叶剑英电告项英：“希夷尚未见，正从各方面探访中。我们拟向希夷说明两点：一、新四军应保持我党领导，不能改变现行制度，此事已向蒋说明过，希夷不应有异议；二、至于工作关系不良，可以改善，而且应当改善。”电报中还说：“我们估计希夷不回部，蒋亦不肯另委别人。为着统一战线的继续发展，希夷回部工作是有利的。”
叶挺到香港后,得知他的家乡广东惠州一带已有中国共产党领导的抗日游击队。他向在香港的中共代表廖承志表示：自己在广东的作用更大，愿意留在广东从事游击战争。接着，他率领在香港组织起来的军政人员百余人奔赴东江，还收编了溃散在广九铁路附近的5000粤军。
叶挺要求辞职，在国民党方面也引起很大反响。1939年1月8日，周恩来致电中共中央书记处说：蒋介石屡称，连叶挺都不能与你们合作，将无人与你们合作。电报又说：蒋介石对新四军可能采取两种办法，一是另派更难相处的军长（不会派剑英去），一是改新四军为游击队，减少军款两万，这样对我更不利。周恩来提议，叶挺仍回新四军，解决的原则是：“共产党领导必须确定，工作关系必须改变，新四军委员会可以叶正项副，项实际上为政委。”1月10日，中共中央书记处复电周恩来并告新四军：“新四军问题以争取叶挺回四军工作为原则。共产党对新四军之政治领导不能改变，但应尊重叶之地位与职权。我们提议项多注意四军总的领导及东南局工作，而将军事指挥与军事工作多交叶办。”“委员会叶正项副我们同意。同时在新四军干部中进行教育，以确定对叶之正确关系。因叶挺工作问题之解决，影响新四军前途及全国同情者对我之态度，关系颇大。”
经过周恩来等的工作，叶挺将东江纵队交给中共粤东南特委和曾生指挥，于1939年2月初到重庆，向蒋介石表示愿回新四军工作，并同周恩来、叶剑英作了长谈。2月3日，周恩来电告毛泽东、王稼祥并转项英：叶挺准备回去，并表示新四军问题好解决。“他只因自己非党，工作困难，大家信任差。”“我们力劝其回，并以确立制度必能解决工作困难与关系。”
周恩来偕同叶挺到新四军军部后，向新四军领导干部传达了中共中央关于叶挺工作问题的意见，并多次找项英谈话，要他改善同叶挺的关系。周恩来严肃地批评项英说：叶挺是个好同志，很有军事才能，这样的将领如不去团结，还要团结谁呢？又说：叶挺是热爱党的事业的，热爱人民解放事业的，不能认为他现在不是党员就不欢迎他。他参加党，不如留在党外对党的工作有利得多。
在周恩来的帮助下，项英作了自我批评，表示要同叶挺搞好团结。他虽然并未完全消除对叶挺的成见，但关系有所改善。据当时任新四军秘书长的李一氓回忆：“周恩来走后，叶项之间开始保持一种和谐的状态。”
陈毅对周恩来的这次调解工作评价很高。1955年4月第一次亚非会议期间，陈毅与新西兰友人路易·艾黎谈到周恩来比自己高明时，举例说：“新四军从集中整编起，内部就存在矛盾，叶挺军长和项英副军长之间的关系很紧张。我对项英很尊重，私人关系也很好，但是在军事战略方针上我却支持叶挺。我同项英多次在私下谈，在会上争，总是谁也说服不了谁。1939年2月恩来同志到新四军军部做了三个星期的工作。经过他的批评教育，项英作了自我批评，同意了‘向南巩固，向东作战，向北发展’的战略方针。”路易·艾黎说：“我听不少中国同志谈过这段历史，他们都肯定周恩来同志那次的工作确实很出色。”
亲切慰问皖南抗日军民
周恩来在皖南期间，听取了新四军领导人和支队领导人的汇报，与军部各部门的干部举行了座谈，到连队和教导总队、战地服务团、后方医院视察，并且与当地的抗日民众组织代表及农民作了交谈。在广泛的接触中，周恩来不但进行了周密的调查研究，而且亲切地表达了对抗日军民的慰问。
2月23日，即周恩来到达云岭的当天晚上，他在项英举行的欢迎晚宴上致答词，首先转达了中共中央、中央军委对叶挺、项英和战斗在大江南北的新四军指战员的问候。周恩来说：“党中央、中央军委和毛主席对新四军迅速集中组编是满意的，对新四军的战略展开和已经取得的胜利是高兴的，对新四军在敌后斗争中的困难是理解的，对新四军在华中敌后的作用是寄予厚望的。”他祝愿新四军在党的六届六中全会精神指引下，在抗日战争进入新阶段的形势下，取得更大的胜利。
周恩来到第一团视察时，观看了他们缴获的日军文件、地图等战利品，给班长以上干部讲了话。这时已是中午，他来到连队，和战士们一起用餐。他端起一碗糙米饭，就着野菜吃起来，边吃边问战士：“怎么样？不太好吃是吧？”接着说：“我们的部队生活确实苦，住在山沟里，吃的是野菜、糙米饭。可我们是共产党领导的革命队伍，是人民的子弟兵，是抗日的队伍，是为人类解放的队伍，不吃苦是不行的，不吃苦就不能打垮日本侵略军，穷人就没有好日子过。”
吃过饭，大家稍事休息。周恩来还向战士们讲述了抗战形势与新四军的发展方向。无拘无束的交谈，使战士们深受鼓舞，倍感温暖。
周恩来十分惦念在战斗中负伤或是积劳成疾的新四军指战员。来云岭时途经黄山，他没有去欣赏久已闻名的奇松、怪石和云海，而是看望了在那里疗养的新四军伤病员。后来，他又特地去泾县、旌德、太平三县交界的小河口，看望新四军后方医院的伤病员和医务人员。他看到病房虽然设在祠堂和茅草房中，设备也较简陋，但医院有化验室、手术室、X光室、营养室，甚至还有沐浴室和灭虱室，工作规范，环境整洁，很是高兴。护士蒋智和患肺结核病，在隔离治疗。周恩来听说后，特意去看望她，嘱她安心养病，争取早日康复。蒋智和请求周恩来题词。周恩来问：“你是哪里人？”蒋智和答：“我是江苏宜兴人。”因为宜兴已被日军占领，周恩来就题：“打回宜兴老家去！”
周恩来对参加新四军的知识分子给予了格外的关爱。他在后方医院专门同医护人员谈话，对他们的辛勤工作表示感谢。周恩来说：党对技术人员是一贯有政策的，是爱护的，尊重的。新四军成立不久，很需要技术骨干。他勉励医护人员在抗日救国的目标下，同心协力，安心工作，救死扶伤，当好白衣战士，努力为伤病员服务。他还教育党员干部要正确对待知识分子，加强同非党知识分子的团结，批评了不尊重知识分子，鄙视技术工作的错误思想。
周恩来又到离云岭十多里的中村，看望新四军教导总队的学员。这里既有来自部队的战斗骨干，也有许多满腔热情来参加新四军的知识青年。周恩来勉励他们加强团结，互相学习，掌握本领，为打败日本侵略者作出贡献。3月14日，周恩来在离开云岭的前夕，还会见了在教导总队工作的经济学家薛暮桥和他的夫人罗琼，关切地询问了他们的工作情况，肯定了他们的成就。
新四军战地服务团聚集了一批作家、戏剧家、音乐家、美术家和热爱文艺工作的知识青年。周恩来专程到服务团驻地新村与他们座谈，对他们表示慰问，希望他们用知识为新四军的战斗和建军服务。在皖南的日子里，周恩来观看了服务团演出的陈白尘编剧的话剧《魔窟》，又看了服务团自己创作的短剧《春耕曲》《母亲》等。演出结束，他登台与演员一一握手致谢，又到后台看望舞台工作人员，向他们表示感谢。管服装的女团员焦恭贞找出一块白绸，请求周恩来和其他领导人题词留念。周恩来欣然答应，在3月10日用毛笔题写：“为创造民族革命的艺术而奋斗！”后来，焦恭贞在皖南事变中突围时带出了这件文物，至今还珍藏着。
周恩来听说云岭一带的民众已经组织起来，成立了农抗会、妇抗会、青抗会，感到满意和高兴。他邀请这些民众抗日团体的代表，到新四军军部作为会场的陈氏祠堂开座谈会，向他们宣讲抗战形势和前途，了解他们开展抗日活动的情况，教育他们掌握好团结各方面群众共同抗日的政策。古色斑驳的祠堂的两扇大门上，贴着“军民合作”、“抗战到底”的标语，揭示了这次座谈会的主题。有一天，周恩来还让军部伙房置办了几桌酒菜，请这些民众抗日团体的负责人聚餐。他看到妇抗会主任不好意思吃菜，就说：“这是我用国民政府军事委员会政治部的薪俸，请大家吃饭，慰劳大家对新四军的支援。让我们为军民团结，为抗日战争的胜利干杯！”
周恩来在百忙中总是利用一切机会接触群众，向群众作宣传。有一段日子他住在石头尖村的老贫农董光裕家里。他有空就和老董拉家常，讲抗日救国的道理和抗战必胜的前景。3月初的一天，梅村的交通员梅柏林挑着一担木炭到石头尖村，被周恩来遇到了。他满面笑容地和梅柏林握手，同他亲切交谈，讲当好交通员的意义，还把随身带来的一本中国分省地图赠给梅柏林，说：“这本地图册对你的工作可能有点用处。”在路过湘潭村时，村里的中共地下党员李钟英为他们准备渡青弋江的竹筏。周恩来也利用这个机会，向李钟英了解地方组织的情况，对战斗在农村的共产党员表示鼓励和慰问。
周恩来听说张太雷烈士的女儿张西蕾在新四军，立刻将她请来见面。他拉着张西蕾的手，对在座的叶挺、项英、陈毅动情地说：“她长得多像她父亲啊！”在详细询问了张西蕾一家十多年来的经历以后，周恩来要陈毅马上派人去常州，将张太雷烈士的亲人接到新四军来。在离开云岭时，他又告诉项英，在张西蕾的弟弟张一阳来到新四军后，要把他们姐弟送往延安，让他们有更好的条件学习。
周恩来一贯对烈士怀有深深的敬意。他得知新四军第三团副团长邱金声和第二团政治处主任萧国生牺牲，在3月13日为《抗敌报》写了《纪念邱金声萧国生两同志》。悼文指出：“他们两人之死，代表了新四军高级干部奋斗牺牲的领导精神，更代表了多年奋斗至死不息的革命者的意志，不畏强寇勇往直前的青年政工人员的模范。两同志虽死，他们的精神永远照耀于新四军，光辉于全民族。他们的血迹，有全国的抗战将士踏着前进。他们的事业，有全国的爱国同胞接续在做。中华民族是不会亡的。两同志的精神永远不死！”
言传身教统一战线工作
周恩来给新四军干部作的又一个重要报告，是《关于统一战线工作》。在此之前的1938年9月30日，周恩来曾在中共六届六中全会上作过《关于统一战线》的报告。在皖南，他根据六中全会精神，联系新四军的实际，详细论述了抗日民族统一战线的性质、特点、形式、原则、方法及其发展前途，强调了必须坚持统一战线中的独立原则，批判了“一切经过统一战线”、“一切服从统一战线”的错误思想。
在《目前形势和新四军的任务》这个报告中，周恩来也指出：“要坚持统一战线。拿统一战线的发展来击退敌人的一切造谣中伤，团结我们周围的友党、友军、地方政府和广大民众，造成有利的工作环境。”这是新四军克服困难的基本条件之一。“由劳苦群众以至上层分子，只要不当汉奸，都是我们要团结的。”
周恩来的皖南行，还为新四军作出了履行抗日民族统一战线的示范。
2月23日，周恩来到云岭那天，途经太平县三门乡，曾在开明士绅刘敬之家休息。刘敬之是三门乡联保主任，拥有大片茶园、林场和设在屯溪、芜湖的茶庄。他的长子刘寅，字旭初，是三门乡小学的校长。三门是江西、浙江通往云岭的门户。来往的新四军干部战士常在刘家食宿，因而把这里称为新四军的“义务兵站”。周恩来在刘家休息的时间不长，但很高兴有机会结识刘氏父子，向他们介绍了抗战形势和结成抗日民族统一战线的重要性，也向他们了解了当地的风土人情，还为他们对新四军的支持表示了感谢。
3月15日，周恩来结束了在新四军三个星期忙碌的工作，完成了视察新四军的预定任务，登上前往浙江的旅程。这天中午，他再次途经三门乡，到刘敬之家休息和午餐。饭后，刘敬之取出笔墨纸砚，请求周恩来题词留念。周恩来稍加思索，欣然命笔：“绥靖地方，保卫江南，为全联导，为群众倡。”并有附记：“因抗日机缘来皖南，道出三门，两遇刘主任及其公子。谈及捍卫乡里，驱逐日寇，大义凛然，亟可钦佩。爰书此应敬之主任及其公子旭初先生之嘱。周恩来”
刘寅2月间听了周恩来的谈话，已萌发了参加抗日的念头。这次交谈中，他向周恩来提出想到延安去。周恩来鼓励他说，要求抗日很好，这里新四军，有抗日的队伍，到新四军去同到延安去是一样的。三个月后，刘寅即参加了新四军。
刘敬之结识了周恩来，对共产党、新四军的感情更加深厚。1941年皖南事变发生后，他利用茶园、林场作掩护，先后护送多名新四军干部战士突围回到部队。他因此四次被国民党政府逮捕入狱。抗日战争胜利后，刘敬之转辗到了南京，曾给在重庆的周恩来写信诉说他的遭遇。周恩来不忘旧交，写了回信，全文如下：
敬之先生惠鉴：
久违道范，只以事忙，未及时修函（问）候为歉。忆远岁既两扰堂阶，复多蒙遥赉名茶，隆情厚爱，遂令人心焉铭感。顷奉台函，备悉先生历年正面强暴，义薄乡邦，是以招丛忌妒，四构囹圄，然犹持身不阿，未肯青黑随染。现且贻及七六老兄，无辜待赎。先生迫得远循逋薮，避难京都。先生所际至堪同情，而先生所怀尤可景仰矣。承示嘱托，力之所逮，自当勉为。尚望远瞩民主之前途，续作仗义执言之努力，放眼宽怀，善自珍重。至所盼祷。此肃复。敬候
道安
周恩来谨启
四月廿二日
中华人民共和国成立后，刘敬之任安徽省政协委员，省文史馆馆员。他在谈及周恩来与他的交往时说：“他是一位为人诚挚、和蔼可亲的伟大政治家。他的教诲发人深省，令我没世难忘。”