抗日战争时期，在中国的新闻报道中，经常会在日军师团的番号前面加上师团长的名字，以示强调，例如“板垣第五师团”，甚至干脆简称为“板垣师团”。而日本国内的报道在这方面则显得比较混乱，大部分情况下日本报道不会出现“师团”字眼，偶尔出现时一般会在师团番号上加上一些地名，例如“广岛第五师团”，1939年之前，直接将“第五师团”称为“广岛师团”的情况也不少见。
与“师团”“旅团”等鲜有出现相对应的，是日本的新闻报道中经常出现“兵团”“部队”这样奇怪的单位。更有甚者，日本当时的新闻报道，包括日军的正式文件中，经常将某一师团的番号略去，直接用一个字代替，例如“鲤兵团”“枫兵团”“玉兵团”等，让对日军不太了解的人看后一头雾水。
番号有玄机
造成这种报道混乱的原因，主要是日本军队在所谓“保密防谍”方面偏执的要求。在中国全面抗战爆发之前，日本军方为了防止外国间谍通过分析日本国内的新闻报道，推测日军各部队的驻地和规模等情报，专门要求媒体在提到日本的师团和旅团时，以“兵团”替代，与之对应，联队和大队称为“部队”，中队和小队则称之为“队”。
以日军师团长姓名代称其指挥部队的方式，日本军队早在1931年的“九一八”事变时期就在使用，理由主要也是给中国方面的情报人员分析日军编制制造困难。随着中国全面抗战的爆发，越来越多的日本部队在中国战场遭遇重创。日本媒体为了粉饰这一情况，经常将遭到重创的部队“包装”成以一当十的勇武部队，为了突出指挥官的高明，日本记者经常会用大队（团级单位）指挥官的名字来命名“某某部队”。而日军在官方文书中，则通过加上指挥官姓氏来区别“常设师团”和新编成的“特设师团”。例如在诺门罕战役中被苏联红军重创的第二十三师团，属于“特设师团”，在日军的文件中一般用师团长小松原道太郎的名字命名，称为“小松原兵团”。
不过，日军很快发现，用指挥官名字来命名新部队会带来很多麻烦。尤其是面对中国抗日武装的猛烈打击，不少日军部队损失惨重，指挥官被撤换甚至被击毙，部队代称也只能跟着变换，以至于很多基层日军官兵自己也弄不清本人是隶属于“铃木部队”还是“小林部队”。为了统一和规范各部队的代称，日本陆军在1940年颁布的《1940年陆军动员计划令细则》中，详细规定了各级部队的代称编制规则。
首先，对于师团和旅团级别的部队，统一授予一个单一汉字的代称，即所谓“兵团文字符”。这项举措受到了大部分师团的欢迎，但1937年以前就存在的常设师团却并不满意——它们的特权被取消了。
实际上，日本陆军最初的师团级单位是“镇台”。1888年镇台被废止，改编为最初的7个师团。日俄战争之后，日本陆军单位基本维持在20个以下。这些师团分别对应日本国内的十余个师管区。由于其后日本陆军师团总数不断发生变化，师管区总数也随之变化，但各师团的兵源籍贯却稳定下来。于是各部队就根据兵源和驻地给自己起了和地名相关的代称。例如第十八师团，因为最初驻扎在久留米，因此也被称为“久留米师团”。
不过以所在地代称部队，仍显得啰唆，各师团私下约定俗成了最初的单字“兵团文字符”。例如驻扎在天皇身边的近卫师团，自称为“宫”；驻扎在广岛区域善于登陆作战的第五师团，自称为“鲤”；最初由北海道驻屯兵改编而来的第七师团，自称为“熊”。最有意思的代称，要属驻扎在大阪的第四师团“淀”。
第四师团当初挑选“淀”作为代称，主要考虑是淀川从大阪穿过，也有如鱼得水的含义，算是吉利的词语。而大阪在日本历史上最出名的事件就是德川和丰臣政权之间的大阪攻城战，传说导致丰臣政权崩溃的红颜祸水恰巧名叫“淀君”。这样一来，其他日军官兵看不起大阪城的少爷们，私下常常将“淀师团”解释为“淀君的师团”。
1940年当日本陆军为各师团和旅团制定“兵团文字符”的同时，也为下级部队制定了代号规则。各联队、大队等，在所隶属的师团或旅团的“兵团文字符”后面，加上3到5位数字组成的编码，作为各部队的“通称番号”。为了避免在基层官兵中造成混乱，日军规定各部队通称番号中的数字部分是永久不变的，如果所属部队隶属发生变化，只修改第一位的“兵团文字符”。
“乡土部队”体制
日军之所以要在国内建立师管区，向各部队补充籍贯相同的兵源，主要是为了建立“乡土部队”，希望同乡关系能够增强部队的凝聚力。
在20世纪20年代，日本陆军的兵力一度扩展到76个步兵联队的规模。为了保证每年为这些步兵联队补充足够的兵源，《昭和二年兵役法》将日本全国划为16个师管区，每个师管区负责为4-5个步兵联队补充人员。因此日本陆军各联队的人员大致来自同一地区，这也造成了日本陆军的各师团和联队带有浓厚的地方风格。由于兵员来自同一家乡，日本国内将师团和联队称为“乡土部队”。在现实中，“乡土部队”确实有利于提升官兵间的凝聚性。而且，各师管区也能通过宣传相应“乡土部队”的作战情况，来推动征兵工作。
但是，随着日本陆军在中国战场遭到中国抗日军民的迎头痛击，“乡土部队”体制也在日本国内造成了许多风波。以日本陆军的第三十四步兵联队为例，它由静冈县人编成，1937年9月被运到上海登陆。仅仅过了两个月，该联队就有1248人被击毙，2046人负伤。1937年11月5日第一批被击毙日军的遗骸运抵静冈，在当地掀起了巨大的怨愤。当时担任第三十四联队联队长的田上八郎娶了位39岁的东京媳妇，卢沟桥事变后，东京媳妇特意搬到静冈，准备和“乡土部队”的军属们同甘共苦，结果成为当地人发泄愤怒的目标。据报道，田上八郎家的玻璃几乎每天都会被砸，即便在门口安排了宪兵，仍然有大量恐吓信被投入院中。田上八郎的夫人不堪忍受被逼疯，于1938年自杀身亡。
此外，日本研究者也发现，“乡土部队”一定程度上导致日本各师团间配合和沟通始终不够顺畅。例如来自日本东北地区仙台、福岛和来自九州熊本、鹿儿岛等地的兵员，分属第二和第六师管区，由于这两地民风淳朴而彪悍，与大城市出身的东京周边第一师管区和大阪、神户及周边第四师管区的“少爷兵”格格不入，在配合作战时，主官们会私下调侃对方的口音，而基层官兵之间因斗殴导致被禁闭的情况也屡见不鲜。
部队分层次
国内的媒体和研究者经常会提到日军某某师团是“甲种师团”，某某师团是“乙种师团”。实际上，日本陆军特别喜欢在部队中分出三六九等，从明治维新建立第一批步兵联队开始，就分出了近卫联队和乡土联队。由于日本总人口有限，不可能经常性维持一支庞大的常备军，因此日本陆军建立了“常设师团”，作为陆军的基干部队。从日俄战争到20世纪20年代的西伯利亚出兵，日本陆军的“常设师团”一度增加到21个，但最终熬过山梨军缩和宇垣军缩的只有17个师团。
中国全面抗战爆发后，日本陆军提出了《1938年度动员计划》，在计划中将17个常设师团称为“甲种师团”，并要求尽快以常设师团为基干，编成13个“特设师团”，即“乙种师团”。
随着中国战场战况的发展，日本陆军的兵力日渐捉襟见肘，而且很多装备也被证明并不适合中国的环境和基础设施。因此在1941年11月22日，日本陆军颁布的动员计划中正式将陆军师团分为三等，即第1、第8和第10等为“甲等常设师团”，番号在50以上的为“乙等常设师团”，番号在100以上的为“特设师团”。
从编制和装备情况上看，无论是“甲等常设师团”还是“乙等常设师团”，均下辖兵种齐全的步、骑、炮、工、辎、化学和摩托化搜索部队，但“特设师团”没有野炮联队和装备汽车的搜索部队。此外，由于“特设师团”主要在中国战场执行反游击任务，作战形式主要是小股部队的遭遇作战，作战环境则多为山地和丘陵，因此“特设师团”的“丙等山炮联队”实力甚至超过“甲等常设师团”的山炮部队，而“丙等辎重联队”在总兵力上仅为常设师团辎重联队的1/3。
虽然“特设师团”建立时间较晚，但由于这些师团基本以留在日本国内的留守部队为基干组成，因此各部队中都有一些此前担任教官的老兵油子，在某些情况下，他们的新兵在老兵的帮助下反而能够更快学会如何在战场生存。同时，“特设师团”也不是日本陆军中装备和战斗力最差的。