抗日战争胜利后，苏浙军区部队奉命北撤，同时留下少数党政军领导干部在原地坚持斗争。全面内战爆发后，他们在上级的领导下，重建革命武装。经过近3年的艰苦奋斗，除恢复了四明、会稽两块抗日时期的老根据地外，还向南、向西开辟了广阔的新地区，基本上实现和浙南、浙西根据地打成一片的目标，建立了四明（含三北）、会稽（路东）、台属（州）、金萧（路西）、路南、东海等6个地区级党的工委及其武装，主力发展到6300余人，在解放大军渡江前后，解放了12个市县，为浙江全境的解放建立了不朽的业绩，为新中国的成立献上一份厚礼。
隐蔽精干 积蓄力量
1945年9月20日，中共浙东区委收到了华中局转发的党中央关于北撤的急电，要求北撤“越快越好”，并“留下秘密工作及少数秘密武装”。9月30日新四军浙东纵队和党政军机关共1.5万余人开始北撤，北撤前，对留守和坚持浙东斗争作了部署，成立浙东纵队留守处，负责处理北撤后事宜，留下少数干部和武装，实行单线联系的特派员联络员制度。
苏浙军区部队北撤后，国民党军队长驱直入，对原抗日根据地进行残酷“清剿”。针对国民党军的“清剿”，四明特派员刘清扬要求党员干部分散隐蔽，保存力量，做到“无声无息”；形势稍缓时，则采取“躲击”策略，即保存有生力量，伺机打击敌人，镇压为虎作伥、罪大恶极的反动分子。“三东”特派员王起秘密进入宁波城后，要求所有党员都要以公开职业为掩护，隐蔽下来，利用合法手段开展斗争。金萧特派员马青回去后，精简非战斗人员，成立若干武装工作组分散活动。
在反“清剿”斗争中，各地建立的“白皮红心”政权发挥了重要作用。这些名义上的国民党基层政权，实由爱国进步人士、基本群众和秘密党员担任主要成员。他们冒着生命危险，掩护地下党和游击队活动，传递情报，联络同志，营救被捕人员等，做了大量的工作。
1946年1月停战协定签订，加上政治协商会议召开，浙东国民党军“清剿”出现松缓迹象，但也有国民党地方当局利用“和谈”进行诱降、诱捕活动。1946年2月，国民党诸暨县长、县党部书记长联名致信马青，以“合作”之名，邀马青进城谈判，并许以县自卫总队副总队长之职，遭到马青的严辞拒绝。但也有党员干部轻信上当的。1946年11月上旬，诸（暨）义（乌）东（阳）特派员金平欧轻信国民党义乌楂林镇镇长提出的“双方进行谈判合作，共同维护地方安宁”的谎言，带人贸然前往谈判，结果被缴枪杀害。
由于国民党持续的“清剿”和封锁，浙东各地党组织与上级失去联系。1946年春，台属联络员许少春通过上海地下党的关系赴苏北，与华中分局取得了联系。华中分局分析了时局和敌我力量对比，重申在国统区的党组织继续执行隐蔽精干方针，指示浙东各地党组织发动群众，建立武装，重新恢复根据地，并派回原浙东纵队北撤的张任伟等3位军事干部。
在艰苦卓绝的隐蔽斗争中，由于浙东各地党组织坚持依靠群众、利用山区有利地形，适时转变斗争策略，因而渡过了难关，积蓄了有生力量。至1946年底，台属地区党员发展到250余人，为内战爆发后重建武装，开展游击战争打下了基础。
重建武装 打开局面
1946年6月全面内战爆发后，经党中央批准，浙东党组织归中共中央上海分局（后改为上海局）领导。1947年1月，上海分局在上海召开浙东工作会议，成立浙东工委，书记刘清扬，副书记马青，委员王起。原浙东区委常委张瑞昌作为上海分局代表，驻浙东协助工作。会议决定，浙东党组织立即从隐蔽状态转为公开武装斗争，开展以台属为中心的游击战争，创建浙东根据地。
1947年春，浙东工委在台属地区的宁海白岭根村（现为梅花村）召开浙东领导干部会议，张瑞昌、刘清扬、张任伟、许少春和台属一些县党组织负责人参加。会议号召浙东各地党组织重建武装，开展以台属为中心的游击战争，恢复、创建根据地。这次会议标志着浙东党组织统一领导游击战争的开始。
这以后，各地积极联络失散、分散的同志归队，起出埋藏于地下的武器，重新投入战斗。由于武器缺乏，浙东各地主要通过袭击敌区乡政府、警察所和自卫队，缴获敌人的武器来武装自己。1946年11月19日，由马青、周芝山和应飞（金华特派员）领导在嵊县石璜缴获3挺轻机枪、46支长短枪和数担弹药。这是全面内战爆发后浙东党组织重建武装的先声。12月4日，朱之光领导部队在余姚天华战斗中缴获了轻机枪1挺、短枪2支、子弹200发。在台属工委的领导下，1947年10月23日，武工队袭击了三门县蓝田(现属象山县)区署，缴获轻机枪1挺、冲锋枪2支、步枪19支，建立了台属主力“铁流”部队。12月22日，在嵊西地下党的帮助下，张任伟、周芝山率部不费一枪一弹，成功俘敌官兵80余人，缴获轻机枪6挺、步枪39支、短枪9支和子弹2000发，对打开会稽地区的斗争局面和重建浙东主力武装发挥了重要作用。
为推动重建武装斗争，新组建的武装采用原浙东部队的番号，重新打出新四军的旗号。1947年5月四明人民爱国自卫总队成立，对外宣称是“三五支队第四中队”。“三五支队”原为新四军浙东纵队成立之前的简称，在群众中享有威望。1947年7月，金萧地区成立会稽山人民抗暴游击司令部，布告上赫然署着：司令员彭林。彭林是原浙东新四军金萧支队司令员，已随军北撤。7月，会稽“巩固”部队改称抗战时期诸（暨）义（乌）东（阳）根据地的“坚勇”部队；三东地区的革命武装更直接打出“新四军浙东第四自卫大队”的番号等等。虽然这些重建武装与原新四军部队并非一回事，仅是借用其番号名义而已，但是同样起到震慑敌人，鼓舞群众的作用。
1948年1月，经上海局同意，浙东工委改为浙东临时工作委员会（简称浙东临工委），书记张瑞昌，副书记马青，委员王起。浙东临工委即在慈南孔岙召开扩大会议，决定建立主力武装——浙东人民解放军第三支队，刘发清任支队长，马青兼政委。2月，浙东临工委以浙赣铁路为界，将原金萧地区分为路东（会稽）、路西（金萧）和路南3个地区，分建3个地区级党的工委组织，加强领导，推动了该地区革命斗争的发展。
5月，上海局为加强开辟浙东的力量，指示浦东两支革命武装共300余人，携2挺重机枪、16挺轻机枪，南渡杭州湾进入四明山，被编为浙东人民解放军第五支队，支队长储贵彬，政委张凡。此举震动了国民党最高当局，蒋介石下达“彻底清剿”的手令。5月28日，浙东主力三五支队在余姚上王岗山地与浙江保安队2000余人激战终日，以牺牲10余人的代价，毙伤敌100余人，俘30余人，缴获轻机枪1挺、长短枪30多支。
在浙东重建武装中，三东（东海）地区尤其舟山群岛革命武装发展较迅速，由党领导和秘密控制的武装发展到3支，约有800人。为加强开辟台属的力量，浙东临工委决定调舟山一支武装到台属。5月18日，王起亲率东海游击总队主力140余人枪赴台属，途宿六横岛。不料行踪泄露。适值衢州绥靖公署主任汤恩伯在定海视察，即督率海陆军赴六横“清剿”。在强敌围攻下，部队伤亡惨重。之后，国民党海军司令桂永清亲抵舟山指挥，实施逐岛“清剿”。舟山党组织和武装除事先撤离和突围外，留下的悉数损失，包括党秘密控制的国民党定海县警察局保安警察第二中队近300人枪也全被缴械。这一次损失，不仅直接影响了开辟台属的斗争，而且使党长期艰苦经营起来的舟山海上革命战略支点毁于一旦。
三东（东海）地区的斗争遭挫，并未动摇浙东临工委开辟台属的既定决心。张瑞昌率领一支主力武装继续转战于台属地区。11月22日，浙东武装200余人在新昌马坑等，以少胜多，击溃国民党军第六十二旅及新昌地方武装共1000余人的进攻，毙伤敌60余人，俘19人，缴获六○炮一门和大批枪支弹药。此战的胜利和接着的双港、澄谭等战斗的胜利，不仅扩大了台东、台西游击区，打开了台属斗争的局面，而且基本实现了四明、会稽、路南、路西、台属5个地区连成一片的战略目标。一个横亘浙江中部的地域广阔的浙东游击根据地已经形成。至年底，四明地区已基本恢复原抗日时期老根据地的辖区范围。路西地区的金萧支队经多次外线出击，连战皆捷，于次年1月西征，在皖南歙县与唐辉率领的苏浙皖人民解放军皖浙总队胜利会师，打通了与浙西、皖南的联系。
配合大军 解放浙江
1949年1月，随着三大战役的胜利结束，国民党赖以统治的主要军事力量已基本被摧毁。人民解放军饮马长江，准备渡江南下。根据上级党的指示，浙东临工委和武装转变斗争策略，把争取时间歼灭国民党军队，配合和迎接解放大军渡江南下作为首要任务。1月下旬，浙东临工委机关、四明、台属武装和从东海突围的人员共700余人，在新昌回山村会师。浙东临工委在这里召开了扩大会议，宣布成立浙东人民解放军第二游击纵队（简称浙东纵队），司令员马青、政委张瑞昌、副司令员刘发清、参谋长张任伟、政治部主任诸敏。下辖6个支队：第一支队（金萧），支队长蒋明达，政委张凡；第二支队（会稽），支队长杨亦明，政委周芝山；第三支队（纵队主力），支队长张任伟（兼），政委诸敏（兼）；第四支队（台属），支队长刘发清（兼），政委邵明；第五支队（四明），支队长储贵彬，政委陈布衣；第六支队（路南），支队长应飞，政委卜明，共有武装6000余人枪，其中轻重机枪100余挺。这是浙东重建武装两年多来，根据地军民浴血奋战的胜利成果。
会后，浙东游击纵队即部署攻打天台县城的战斗。2月10日，在内应配合下，浙东纵队攻克天台县城，歼敌300余人，缴获轻重机枪7挺，长短枪358支，第二天部队撤离县城。这是解放战争时期浙江最早被游击队攻克的县城，引起很大震动。2月17日，浙东纵队又攻克三门县城，俘敌县长以下200余人，缴获轻机枪7挺和一批枪支弹药，并成立中共三门县委和县人民政府。以后国民党军一直未能重回三门，三门成为浙江最早解放的县城。
随着解放战争形势的胜利发展，特别是1948年下半年以后，京、沪、杭、甬等城市大中专院校的许多学生到游击根据地投笔从戎。他们中许多是参加爱国民主运动的共产党员和积极分子，在地下党的策划下，通过秘密交通线转移到游击区的。中共杭州地下党曾先后组织70余名学生到浙东游击区，金华英士大学地下党为浙东游击区输送了250余名知识青年，临海琳山学校有近200名学生投奔到游击区，等等。他们经过短期学习培训，即分配到部队和地方工作。1949 年1 月至浙东解放，路西（金萧）地区先后举办7期培训班，受训660 人，其中大中专学生400 名，经考察有近百名学员在学习时加入中国共产党。台属党组织举办“燎原培训班”，先后办了5 期，培训近500人，受训学员多为青年学生。大批城市知识青年进入根据地，不仅为部队输送了新鲜血液，而且显著提升了浙东纵队的整体文化素质。
为了更好迎接配合大军南下，2 月中旬浙东临工委机关和纵队部从台西移驻会稽地区。这里遂成为浙东游击根据地的指挥中心。
在这前后，浙东纵队除在军事上加强进攻外，同时还加紧政治争取工作，策动国民党军政人员起义、投诚和接受和平改编。其中影响较大的有：1949年1月诸暨县国民党地方武装350余人，在寿乃康、傅渭潮的率领下宣布起义。3月，国民党分水县县长项作梁、松阳县县长祝更生、丽水县县长张慕槎率部起义。4月21日解放大军渡江以后，23日驻守在奉化溪口的蒋介石警卫部队第九支队650余人，在支队长方步舟率领下起义。中共金萧工委湖州特派员赵民成功策反国民党一区（湖州）专员於树峦，於率部向解放大军投诚。5月4日，国民党第八十五军第一一○师师长廖运升率8000余人在义乌黄宅（今属浦江县）起义。5月29日临海县县长汪振国率部起义。同日，黄岩县县长朱焯率部起义。国民党军政人员的起义和投诚，加速了国民党在浙东统治的崩溃。
4月21日，解放大军胜利横渡长江。浙东党组织和武装积极配合，攻打县城，阻击逃敌，同日，攻克磐安县城，26日，攻克松阳县城。4月30日起，浙东纵队先后解放了分水、新登、临安、富阳、萧山、诸暨、桐庐、绍兴、浦江、天台等10县。此外，浙东党组织和武装为迎接大军，筹备军粮，接管城市，维持治安等，做了大量工作。
5月3日，解放大军三野七兵团第二十二军解放省城杭州。16日，中共浙江省委发布《关于结束前浙东临工委工作的决定》。21日，浙东纵队与二十二军在绍兴会师。之后，浙东纵队所部编入大军或各军分区，撤销部队原建制和番号。指战员随大军继续参加解放宁波、舟山等战斗，为迎接新中国诞生作出新的贡献。