1942年初的一天，转移至苏中的苏南澄锡虞（江阴、无锡、常熟）中心县委接到新四军第六师师长谭震林的指示：设法渡江南下，重新打开澄锡虞地区局面。中心县委立即派包厚昌带领6个侦察员先期前往侦察，拉开了他四渡长江下江南的序幕。
“清乡队”渡江侦察
渡江，并不是一件容易的事。自日伪清乡后，敌人巡逻汽艇日夜在江中搜捕可疑船只，江边上几百里竹篱笆连成一片，从浏河口一直筑到江阴，江岸边隔几百米就是一个碉堡。怎么越过层层防线？包厚昌与侦察员讨论来讨论去，最后商量出一个办法：化装成敌人的“清乡队”，大大方方地过江。
2月的一个夜晚，他们出发了，乘坐的是江阴渔民钉碗麻子的小船。钉碗麻子是他们的一个关系户，安全可靠，技术也好。那天，江上风急浪高，小船如水中一片树叶，一会儿被推上浪尖，一会儿又被抛到浪底。好在钉碗麻子是个老船公，施展全身本领驶着小船前行。突然，远处传来了巡逻汽艇的马达声，他们的心一下子提到嗓子眼，一个个握着枪，扣住手榴弹的弦，准备战斗。但马达声由近及远，在江中转了个弯开走了。有惊无险。船公趁着呼呼的西北风，越过长江天险，送他们钻出竹篱笆上岸了。
此时天已大亮，他们迎着太阳，7个人7条枪大摇大摆地向着清乡区走去。走到江阴周庄附近，碰上了一支真清乡队。
侦察班长大声喝道：“哪里来的？”
“自己人。”真清乡队里有人答道。
“这两天新四军有什么活动？”侦察班长又道。
“新四军？哪里还有什么新四军，早就走光了。”
“自己人的情况怎样？”
“东边有二师徐蓬藻的部队，西边有十三师、十师的部队，那边的镇上驻着皇军。”说罢各自走开。之后又碰上几支清乡队，如法炮制。
就这样走了整整一天，7人饿得前心贴后背，半夜才到达浦市里。浦市里曾是新四军的根据地，群众基础很好，但近来情况有所变化，积极分子大多惨遭迫害，一般的群众心里很矛盾，盼着新四军的到来，新四军来了又不敢接近。于是，他们找到伪保长家，在他家门口大喊：“洋先生来查户口了，快开门，快开门。”伪保长一听慌忙起床开门，7个“清乡队员”一拥而入。坐下来后，包厚昌亮明身份。伪保长害怕新四军，结果让他们在家里住了一宿，吃了一顿饱饭。
第二天，他们离开伪保长家，一路寻找，一直找到寨门才找到一个地下关系人。在一个小茅棚里，包厚昌与锡东县委书记刘明等人见面了。包厚昌了解到，锡东县委靠短枪队的支持，利用敌伪顽之间的空隙，已经恢复活动了，并且解决了西仓、后乔、鸿声里3个据点，缴了20余支步枪，组织了一个武工队，有了一小块根据地。完成任务后，包厚昌一行返回苏中。
遭敌围追含泪北撤
根据侦察来的情况判断，中心县委研究出了军事反清乡的方针和计划。抽出50余人，组织一支精悍武装，开展游击战；另外还要带着三四十个地方干部，过江后留下一批在江阴，到无锡再留下一批，以恢复群众工作，配合游击武装，进行反清乡斗争。
5月7日，包厚昌一行第二次渡江南下。这一次，他们在江阴和常熟交界的店岸上岸，这里是清乡的边沿区，他们受到了老百姓的欢迎。包厚昌被一位农民拉回家刚要吃饭，一阵机枪声从东北方向传来。他放下碗，拿起望远镜一看，四五十个日军边打枪边慢慢地向着他们的驻地走来。这时西南边又传来枪声，包厚昌从望远镜中看到，西南边有几百个鬼子和伪军向他们驻地扑来。包厚昌跑到圩岸上判断情况，“叭”一声枪响，他的棉裤被打了个对穿洞，好在只擦破了皮，但鲜血染红了棉裤。此刻，西北方向也响起了枪声，大批伪军围了上来，他们被合围了。
包厚昌判断，东南方向的敌人少，且只有伪军，行动也比较迟缓，就从这里突围。包厚昌命令连长带领一个排把西南方向威胁最大的敌人挡住，他自己带领一个班掩护三四十个地方干部向东南方向突围。到了傍晚，他们突围到达陆家桥附近的一个小村庄，找到三四间小屋，四五十人挤在一起休息。
第二天一早，敌人又来了，他们立即向锡东转移。这样且战且走，第四天才到达许家桥，与锡东县委的武装队会合。没多久，敌人又追了上来。这次是日军小野少将坐镇无锡安镇，对锡东地区动用了二三千兵力。包厚昌他们在敌人的隙缝里穿来穿去，整整打了一天。
第二天，包厚昌带着一个排连夜转移到虞西，刚刚走近一个村庄，就听到人喊马嘶，村庄已经驻满了敌人。他们只能再次转移。刚刚到达顾山附近，他们又被敌人包围了。他们几十个人聚在一个屋内，大家扔掉被服，只拿着一支枪和几颗手榴弹。这场战斗，敌我差不多一个屋一个屋地争夺，整整相持了一天。傍晚，在暮色中，包厚昌看到西南方向的一座桥上只有几个人看守，他命令部队冲上去，这才又突出重围。
这样边走边打，13天时间里打了15仗。在以后的7个月里，过江的部队同志，有的牺牲，有的负伤，也有人经不起考验逃跑了，更有个别人投敌叛变。地方干部也遭到很大的损失，县委书记等同志都牺牲了。包厚昌带领的武装部队剩下了一个管理排长，两个侦察员，他们化装成农民，挎着竹篮，含泪北撤。
争取道徒建立武装
1945年农历年三十，吃过年夜饭，包厚昌与司令部一部分人员带了一个警卫班、四五百只手榴弹和大批的文件，第三次南渡长江。正月十五元宵节这天，
包厚昌正在检查工作，锡东县委派人来报告，安镇附近的先天道，聚集着大约2000人，头裹黑布，手拿大刀，口念五雷诀，在安镇附近的上山村劈死了十几个鬼子，20余个伪军。
包厚昌非常吃惊。先天道发源于华北，1941年清乡前后扩展到无锡。它是一个反动团体，为什么忽然集中2000人去打敌伪呢？为了弄清真相，包厚昌立即赶到安镇附近，此时，暴动的群众已经散去，他找到一个了解先天道情况的地下党员，以及加入先天道的群众了解情况。
安镇北面的上山村，先天道头目就聚居在这里，他们的口号是：先打新四军，后打忠救军，再打东洋人。当时日伪征粮收税抽壮丁，群众勒紧裤腰带还是无法活下去，迫切要求反抗日伪军。这一天安镇的日伪军知道先天道在上山村集会，也去了上山村。他们一到，群众中有人高喊：快来打鬼子，快来打鬼子啊。大家齐声响应，就这样被群众砍倒了10多个日军和20多个伪军，群众也伤亡了数十人。事发后，暴动的群众四散到各个乡村。后来，附近乡村的群众听说先天道打鬼子，纷纷加入先天道。
地委具体研究了先天道的情况，肯定先天道的上层是反动的，但大多数底层是基本群众，上山村暴动实质是反迫害反征粮反抽丁的农民暴动。地委遂决定：打入内部，分化瓦解其上层，争取团结中下层，把群众引导到正确的道路上来。
安镇暴动后，锡澄地区许多村庄的农民都参加了先天道。先天道上层把所有道徒按清朝军队编制分为旗、营、标。
锡澄县委决定抓几个为首的示众。
地委根据锡澄县委的汇报，立即通报各县委，组织共产党员参加先天道，把这一波澜壮阔的农民暴动引导到正确方向上来。不久，先天道几十个基层的标长都成了共产党的人。共产党人提出“保村庄、保太平、打鬼子、反土匪”的口号，被中下层群众接受。先天道头目和特务被孤立了，群众开始接受共产党的领导，无锡、江阴、常熟、武进等地的10万先天道徒参加了反日伪、反顽军的民众暴动。暴动后，先天道活动的地区几乎全部成为新四军的控制区，党的活动也从秘密转向公开，4月份正式建立各县抗日民主政府，把先天道暴动中的积极分子组织成游击队，建立了各县的地方武装部队。这个任务完成后，1945年6月，包厚昌回到了苏北。
日军投降前，包厚昌又从苏北带了一个连的主力部队再次渡江南下，配合地方组织迎接抗战胜利的到来。